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もしクライアントのレギュレーションなりでHTML5ダメってなった場合、
のちのHTML5移行を想定してHTML4.01とXHTML1.0のどちらで作るべきか。
※XHTML2.0は策定打ち切りなので対象外


【HTML4.01】
・文章構造がゆるい
・終了タグが省略可能
・要素・属性は小文字・大文字どちらでも可能


【XHTML1.0 or 1.1】
・HTML4.01をベースに作られた
・文章構造が厳格
・他のプログラムで利用しやすい
・要素・属性は小文字のみ可能
・1.1は新たに＜ruby＞が増えたり、iframe,name属性が禁止されたりいろいろ
・IE6は互換モードになる
・XHTML1.0はブログの影響もあり現在の主流
・XML宣言をしなければならない（「UTF-8」「UTF-16」のときは省略可能）


【共通】
HTML4.01とXHTML1.0はStrict(厳密型)、Transitional（移行型）、Frameset（フレーム設定型）の3種類のDTDがある
XHTML1.1は上記3つのDTD宣言はなくなってStrict(厳密型)と同じ扱いになる
HTML4.01 Strict, XHTML1.0 Strict, XHTML1.1ではtarget属性は廃止（HTML5では復活）
Strict DTD:厳密なDTDで非推奨の要素や属性は使えない
Transitional DTD: Strict DTDほど厳密ではなく非推奨の要素や属性なども使える
Frameset DTD: Transitional DTDにフレームが加わったもの


HTML5は仕様にXHTML1.1を踏襲しているXHTML5が含まれるのでどちらの書き方にも対応しています。
なのでどちらで作っても支障はなく、最終的には好みの問題かと思います。
DTDは非推奨要素は使えないstrictが無難ではないでしょうか。